پرداخت هزینه های درمانی منطبق با اساسنامه ی بنیاد از اهداف اصلی این خیریه بوده و مهمترین خدمتی است که برای کودکان مبتلا به سرطان تحت پوشش شمیم مهر انجام می گیرد.
بنیاد موظف است کلیه هزینه های درمانی کودکان مبتلا به سرطان را با استفاده از دفترچه ی درمانی و بر اساس چارچوب های شمیم مهر پرداخت نماید.